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     BD Rhapsody TM 單細胞分析系統

     平行分析數千個單細胞內數百個基因的表達水平




克服 PCR  偏差 – BD  分子 標簽


       當對序列讀取進行計數時,PCR 擴增偏差可導致基因定量不準確。BD 的分子標簽專利技術為單個細胞的單個基因分配了獨特的分子索引,也稱為“分子條形碼”。實驗者可借此克服擴增偏差,更準確地計算轉錄水平。


為您的實驗定制工作流程


      對于不同用戶和實驗,單細胞實驗工作流程往往需要不同程度的樣本操作、質量和通量。BD 儀器選項可以根據具體需求進行配置。BD FACS 分選機(如 BD FACSMelody?)是 BD Rhapsody 系統上游樣本富集的良好選擇。BD Rhapsody掃描儀提供自動化細胞計數和細胞樣本活性測試,幫助用戶制備適用于卡式芯片單細胞捕獲的最佳濃度的樣本。掃描儀提供了卡式芯片上微球捕獲細胞的計數。BD Rhapsody 上樣臺輕巧便攜,可在實驗室內輕松移動。同樣還提供生物信息
學途徑和可視化工具。這些工具包括 UMI 分析算法和可視化工具,即使沒有經驗的用戶也可分析和理解單細胞數據。



更有效的測序可以更低的成本 實現 更高的 通量


      由于與高通量實驗方法相關的測序成本,單細胞實驗往往非常昂貴。BD Rhapsody 單細胞分析系統設計有多個功能,可以更有效地利用測序來降低實驗成本。


●  靶向測定 - 由于檢測靈敏度的提高,特定的基因組合方法可使用少量的時間和成本,幫助產生類似于全轉錄組分析(Whole Transcriptome Analysis,WTA)測定的結果。這種方法還提高了 UMI 計數效率,從而極大程度的節省了實驗時間和成本。


●  儲存 - 從樣本中得到的完整 cDNA 可在磁性微球上穩定存儲,允許將珍貴樣本保存長達 16 周。這可使用戶在時間允許的情況下靈活地對樣本進行測序,并通過對儲存的微球池進行等分或分樣來實現同一樣本的多個測定。


●  分樣—在磁性微球上儲存的 cDNA A 可以分成一個或多個等分試樣,并使用定制或預先設計的組合(panel)進行擴增。通過提供對部分樣本進行測序的選項和對樣本不同組合(panel)進行測試的靈活性,分樣可降低成本。



使單細胞測序效率更高


        靶向方法對單細胞分析的益處通過使用競爭產品的WTA 測定和 BD Rhapsody 免疫反應組合(panel)(人)在相似的測序深度下對外周血單核細胞(PBMC)進行表達譜分析來證明。雖然兩種測定方法的 t-SNE 表達譜分析都顯示了已知 PMBC 細胞類型的聚類結果,靶向組合(panel)顯示了比 WTA 更高的靈敏度(讀數/細胞)和 UMI 計數效率。BD Rhapsody 測定實現了與競品 WTA 測定類似的聚類性能,而測序讀數降低了近 10 倍(靶向讀數 2k vs. WTA 讀數 20k)。與使用 WTA 方法不同,靶向組合(panel)避免了對多個高表達基因的測序如核糖體蛋白或低表達變異性,從而提高測定效率。

      混合微球的測試儲存(參見圖 6),從含有稀少轉移性乳腺癌細胞的淋巴結所得的 1,000 個細胞的兩個分樣使用BD Rhapsody Onco-BC 靶向組合(panel)進行分析。在 4℃下保存微球,在 0、6和 12 周對樣本進行測定。在分樣之間基因表達具有很強的相關性,表明儲存 cDNA 具有極小的批次效應和較高的穩定性。



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